SC²S Colloquium - October 8, 2014
| Date: | September 24, 2014 |
| Room: | 02.07.023 |
| Time: | 3 pm, s.t. |
Raphael Schaller: Dynamic load balancing for Riemann solvers with unsteady runtimes
Andreas Stefan: Entwicklung eines skalierbaren Checkpoint-Restart Schemas mit parallelem File-I/O
Die Molekulardynamik ist ein wichtiger Bereich in der Forschung. Sie bedient sich großer Rechenzentren oder Supercomputer, um ihre Simulationen durchzuführen. Bei solchen Simulationen entstehen riesige Datenmengen, wodurch eine effiziente Ein- und Ausgabe notwendig wird. Diese Arbeit beschäftigt sich damit, unter Ausnutzung von parallelen Dateisystemen einen Checkpoint-Restart-Mechanismus für das Molekulardynamikprogramm MarDyn zu entwickeln weil der bislang vorhandene Mechanismus für größere Simulationsläufe so lange dauert, dass er nicht benutzbar ist. Zunächst haben wir eine Evaluierung der gängigen parallelen I/O-Bibliotheken vorgenommen. Danach haben wir eine Implementierung mit den Bibliotheken PnetCDF und MPI-IO realisiert. Die Grundidee dahinter ist, ein Dateiformat aufzubauen, das eine Zellstruktur ähnlich der Datenstruktur des Linked-Cells-Alogrithmus verwendet. Die Laufzeiten, die wir mit unserer Implementierung erreichen konnten, zeigen, dass es jetzt möglich ist, einen Checkpoint-Restart effizient auszuführen. Auch bei großen Tests mit 33 Millionen Molekülen und 16.000 Prozessen dauert das Schreiben eines Checkpoints nur wenige Sekunden.