SC²S Colloquium - July 27, 2009

Date:	July 27
Room:	02.07.023
Time:	15 pm, s.t.

15:00 Uhr - Huan Zhao - Graphenbasierter Lastbalancierung einer Molekulardynamiksimulation (BA)

Eine Molekulardynamiksimulation ist eine Zeitdiskrete Computersimulation, welche die Wechselwirkungen von einer Menge an Molekülen in einem Raum abbildet. Um große Anzahl an Molekuelen fuer lange Zeiträume zu simulieren, werden Molekülen ortsbasierend auf einer Vielzahl an Prozessoren verteilt und parallel berechnet. Dabei zerlegen wir das Gebiet in kleine Zellen, und jeder Prozessor bekommt eine Menge an Zellen zugeteilt. Der Rechenaufwand jeder Zelle und die von der Aufteilung verursachten Kommunikationsvolumen werden abgeschätzt und als Graphen modelliert. Durch die Reduktion auf Graphenpartitionierung streben wir eine gerechte Lastverteilung und Minimierung der Kommunikationvolumen an. Die Idee und Implementierung der Aufteilung werden im Vortrag erlaeutert.