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Dr. rer. nat. Wolfgang Eckhardt

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Address:
TU München
Institut für Informatik
Boltzmannstr. 3
85748 Garching b. München
Office:
MI 02.05.055
Email:
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Phone:
(089) 289 18 632
Fax:
(089) 289 18 607
Office Hours:
by arrangement

Contents

Interests

  • Algorithms and Datastructures for High Performance Computing
  • Molecular Dynamics Simulations
  • GPGPU-Programming

PRACE ISC Award 2013

Together with my co-authors, I received the PRACE ISC Award 2013 for our paper "591 TFLOPS Multi-Trillion Particles Simulation on SuperMUC", in which we describe our optimisations for the code Mardyn and perform the world's largest molecular dynamics simulation at a peak performance of 9.4 % on SuperMUC at LRZ.

Students

Finished Student Projects

Volume 2014

  • A. Stephan: Entwicklung eines skalierbaren Checkpoint-Restart Schemas mit parallelem File-I/O [pdf] [BibTeX].
    Bachelor's thesis, Institut für Informatik, Technische Universität München, September 2014.
  • M. Obersteiner: Parallel Cluster Detection in Nucleation Scenarios [pdf] [BibTeX].
    Bachelor's thesis, Institut für Informatik, Technische Universität München, September 2014.
  • R. Hajda: Effiziente Vektorisierung des Dipolpotentials in parallelen Molekulardynamik-Simulationen [BibTeX].
    Bachelor's thesis, Institut für Informatik, Technische Universität München, February 2014.

Volume 2013

  • W. Nicka: Keimdetektion in Gasen [BibTeX].
    Bachelor's thesis, Institut für Informatik, Technische Universität München, August 2013.
  • J. Cremer: Effiziente Implementierung eines Zeitintegrationsalgorithmus mit CUDA [pdf] [BibTeX].
    Studienarbeit/SEP/IDP, Fakultät für Mathematik, Technische Universität München, January 2013.

Volume 2012

  • M. Georgiev: Implementation of parallel Ewald-summation techniques [BibTeX].
    Master's thesis, Institut für Informatik, Technische Universität München, December 2012.
  • T. Kovacevic: Aspects of Hybrid Molecular-Continuum Simulations for Complex Liquids [BibTeX].
    Master's thesis, Institut für Informatik, Technische Universität München, October 2012.
  • A. C. Cavazos Sepulveda: Analysis of numerical precision requirements of Molecular Dynamics Simulations [BibTeX].
    Studienarbeit/SEP/IDP, Institut für Informatik, Technische Universität München, August 2012.
  • J. Heckl: Effiziente Vektorisierung von Simulationen für starre mehrzentrige Molekülmodelle [pdf] [BibTeX].
    Bachelor's thesis, Institut für Informatik, Technische Universität München, July 2012.

Volume 2011

  • P. Hoffmann: Ein Kopplungsansatz für hybride Lattice Boltzmann-Molekulardynamik-Simulationen mit MarDyn [pdf] [BibTeX].
    Master's thesis, Institut für Informatik, Technische Universität München, December 2011.
  • A. Kirsch: Effiziente Implementierung von mehrzentrigen molekulardynamischen Potentialmodellen mit Cuda [pdf] [BibTeX].
    Studienarbeit/SEP/IDP, Institut für Informatik, Technische Universität München, October 2011.
  • J. Weißl: Entwicklung eines effizienten Verfahrens zur Simulation langreichweitiger Molekül-Wechselwirkungen [BibTeX].
    Master's thesis, Institut für Informatik, Technische Universität München, October 2011.
  • Y. Guo: Numerische Aspekte bei Molekulardynamik-Simulationen: Muster zur Speicheroptimierung der Linked-Cells Datenstruktur [pdf] [BibTeX].
    Studienarbeit/SEP/IDP, Institut für Informatik, Technische Universität München, January 2011.

Volume 2010

  • K. Orend: Numerische Aspekte bei Molekulardynamik-Simulationen - Beschleunigung durch Graphikkarten [pdf] [BibTeX].
    Studienarbeit/SEP/IDP, Institut für Informatik, Technische Universität München, September 2010.
  • J. Kummerow: Numerische Aspekte bei Molekulardynamik-Simulationen - Implementierung und Vergleich weiterer Zeitintegrationsverfahren [pdf] [BibTeX].
    Studienarbeit/SEP/IDP, Institut für Informatik, Technische Universität München, September 2010.


Teaching

PSE Molekulardynamik WS13

Tutorial: Scientific_Computing_II_-_Summer_13

PSE Molekulardynamik WS12

Tutorial: Introduction_to_Scientific_Computing_II_-_Summer_12

PSE Molekulardynamik WS11

Tutorial: Introduction_to_Scientific_Computing_II_-_Summer_11

PSE Molekulardynamik WS10
Masterpraktikum_Scientific_Computing_-_High_Performance_Computing_-_Winter_10
Tutorial: Algorithms_of_Scientific_Computing_II_-_Winter_10

Tutorial: Introduction_to_Scientific_Computing_II_-_Summer_10


Masterpraktikum_Scientific_Computing_-_High_Performance_Computing_-_Winter_09

Publications

Volume 2016

Volume 2015

Volume 2014

Volume 2013

  • W. Eckhardt, A. Heinecke, W. Hoelzl and H.-J. Bungartz: Vectorization of Multi-Center, Highly-Parallel Rigid-Body Molecular Dynamics Simulations [pdf] [BibTeX].
    In Supercomputing 2013, The International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis.. IEEE, Denver, November 2013. Poster abstract..
  • W. Eckhardt, A. Heinecke, R. Bader, M. Brehm, N. Hammer, H. Huber, H.-G. Kleinhenz, J. Vrabec, H. Hasse, M. Horsch, M. Bernreuther, C. Glass, C. Niethammer, A. Bode and H.-J. Bungartz: 591 TFLOPS Multi-Trillion Particles Simulation on SuperMUC [BibTeX].
    In International Supercomputing Conference (ISC) Proceedings 2013, Volume 7905 of Lecture Notes in Computer Science, p. 1–12. Springer, Heidelberg, Germany, June 2013.
  • W. Eckhardt and A. Heinecke: SuperMUC boosts the largest molecular dynamics simulation by 4X in Number of Particles [BibTeX].
    In inside - Innovatives Supercomputing in Deutschland, Volume 11(1), p. 19–21, May 2013.

Volume 2012

Volume 2010

  • H.-J. Bungartz, W. Eckhardt, T. Weinzierl and C. Zenger: A Precompiler to Reduce the Memory Footprint of Multiscale PDE Solvers in C++ [] [BibTeX].
    In P.M.A. Sloot (ed.), Future Generation Computer Systems, Volume 26(1), p. 175–182. Elsevier, January 2010.
  • W. Eckhardt and T. Weinzierl: A Blocking Strategy on Multicore Architectures for Dynamically Adaptive PDE Solvers [pdf] [BibTeX].
    In R. Wyrzykowski, J. Dongarra, K. Karczewski and J. Wasniewski (ed.), Parallel Processing and Applied Mathematics, PPAM 2009, Volume 6068(1) of Lecture Notes in Computer Science, p. 567––575. Springer-Verlag, 2010.

Volume 2009

  • W. Eckhardt: Automatisierte Rekursionseliminierung für einen dynamisch adaptiven PDE Löser [pdf] [BibTeX].
    Diplomarbeit, Institut für Informatik, Technische Universität München, May 2009.

Volume 2008

  • H.-J. Bungartz, M. Mehl, T. Weinzierl and W. Eckhardt: DaStGen - A Data Structure Generator for Parallel C++ HPC Software [] [BibTeX].
    In Bubak, van Albada, Sloot and Dongarra (ed.), ICCS 2008: Advancing Science through Computation, Part III, Volume 5103 of Lecture Notes in Computer Science, p. 213–222. Springer-Verlag, Heidelberg, Berlin, June 2008.

Volume 2007

  • W. Eckhardt: Design and Implementation of a Record Class Generator for HPC Applications [BibTeX].
    Studienarbeit/SEP/IDP, Fakultät für Informatik, Technische Universität München, November 2007.


Talks

Volume 2015

Volume 2014

Volume 2013

  • W. Eckhardt: 591 TFLOPS Multi-trillion Particles Simulation on SuperMUC [pdf] [BibTeX].
    International Supercomputing Conference 2013, Leipzig, June 2013.
  • W. Eckhardt: 591 TFLOPS Multi-trillion Particles Simulation on SuperMUC [BibTeX].
    PRACE Scientific Conference 2013, Leipzig, June 2013.
  • W. Eckhardt: 591 TFLOPS Multi-trillion Particles Simulation on SuperMUC [BibTeX].
    V. Jahrestagung der Boltzmann-Zuse-Gesellschaft, Kaiserslautern, TU Kaiserslautern, June 2013.
  • W. Eckhardt: The Simulation Code Mardyn - Recent Developments [BibTeX].
    International Workshop Molecular Modeling an Simulation: Natural Science meets Engineering, Frankfurt, March 2013.

Volume 2012

  • W. Eckhardt: Efficient Implementation of MD Simulation [BibTeX].
    IV. Jahrestagung der Boltzmann-Zuse-Gesellschaft, Universität Paderborn, June 2012.
  • W. Eckhardt: Memory-Efficient Implementation of a Rigid-Body Molecular Dynamics Simulation [pdf] [BibTeX].
    The 11th International Symposium on Parallel and Distributed Computing - ISPDC 2012, Garching, June 2012.
  • W. Eckhardt: An efficient Vectorization of Linked-Cell Particle Simulations [BibTeX].
    ACM International Conference on Computing Frontiers. Ph.D. Forum., Cagliari, May 2012.
  • W. Eckhardt: Memory-Efficient Implementation of a Rigid-Body Multi-Center Molecular Dynamics Simualtion for Nano-Fluidics [pdf] [BibTeX].
    ASIM TCSE, Wien, February 2012. Poster Presentation.

Volume 2011

  • P. Neumann, P. Hoffmann, W. Eckhardt and J. Harting: All Good Things Come in Threes: Current Software and Algorithmic Developments for Molecular Dynamics-Lattice Boltzmann Simulations [pdf] [BibTeX].
    Cecam Workshop Multiscale Modeling of Simple and Complex Liquid Flow Using Particle-Continuum Hybrids, Zaragoza, October 2011. Poster Presentation.

Volume 2009