SC²S Colloquium - May 20, 2009

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Date: May 20
Room: 02.07.023
Time: 15 pm, s.t.


15:00 Uhr - Huan Zhao - Graphenbasierte Lastverteilung einer Molekulardynamiksimulation (Bachelors's Thesis)

Eine Molekulardynamiksimulation ist eine Zeitdiskrete Computersimulation, welche die Wechselwirkungen von einer Menge an Molekuelen in einem Raum abbildet. Es wird fuer Molekuele anhand ihrer Koordinaten die auf sie wirkenden Kraefte, und anschliessend den Ort des naechsten Zeitschrittes berechnet. Um die Berechnungen zu beschleunigen, wird eine Ortsbasierte Aufteilung des Raumes vorgenommen, und die Arbeit gemaess dieser Aufteilung auf einer bestimmten Anzahl von Rechenknoten verteilt. Das Programm soll fuer eine gerechte Aufteilung des Lastes sorgen, und dabei die Kommunikationsaufwand zwischen verschiedenen Prozessen minimieren. Um dies zu erreichen, modellieren wir den Last und die Kommunikation durch Graphen und erreichen eine Aufteilung durch bestimmte Algorithmen fuer Graphenpartitionierung.

15:15 Uhr - Johannes Weißl - Enhancing a MPI-based Molecular Dynamics Parallelisation to a Hybrid Parallelisation (Bachelors's Thesis)

The task of the bachelor thesis is to introduce hybrid parallelization in the Molecular Dynamics Simulation "MarDyn". For this purpose, solutions for OpenMP and Intel Threading Building Blocks will be implemented and tested. The goal is to achieve a speedup on upcoming many-core machines compared to MPI.