SC²S Colloquium - August 26, 2009

Date:	August 26
Room:	02.07.023
Time:	15 pm, s.t.

15:00 Uhr - Johannes Weißl - Erweiterung einer MPI-basierten Molekulardynamik-Parallelisierung zu einer hybriden Parallelisierung (BA)

Um den Herausforderungen der aufkommenden und zukünftigen Höchstleistungsrechnern - deren Architektur immer mehr aus Multi- und Many-Core Prozessoren aufgebaute Cluster sind und sein werden - gewachsen zu sein, wurde das Molekulardynamik-Simulationsprogramm "`MarDyn"' von einer reinen MPI-basierten auf eine hybride Parallelisierung umgestellt. Durch diese Umstellung ergeben sich Vorteile für die Lastbalancierung als auch Einsparungen bei Kommunikation und Berechnungen. Der Schwerpunkt der Arbeit liegt in der Entwicklung geeigneter softwaretechnischer Strukturen für eine transparente und optionale Einbindung der Shared Memory Parallelisierung. Eine Abstraktionsschicht wird implementiert, um zwischen verschiedenen MPI/OpenMP und MPI/TBB (Intel Threading Building Blocks) Lösungen wechseln zu können. Die Performance von OpenMP und TBB wird untereinander und mit der reinen MPI Parallelisierung verglichen und das Ergebnis interpretiert.